Samurai Champloo tourne autour de trois personnages principaux : l'impétueux vagabond Mugen, le calme et stoïque rōnin Jin, et la serveuse frivole Fuu à l'esprit vif. Dans le premier épisode, Fuu aide Mugen et Jin à s'échapper de la peine de mort et les persuade de l'aider à rechercher un mystérieux samouraï qui sent le tournesol en jouant à pile ou face.
Ils partent ensuite en voyage et vivent diverses aventures à travers le Japon.
Il s'agit de la deuxième série réalisée par Shinichiro Watanabe, après Cowboy Bebop.
